La Secretaría Académica tiene por objetivo: 

• Planear, dirigir y promover los instrumentos de carácter académico, de innovación y creatividad, que orienten y conduzcan al adecuado funcionamiento de la educación universitaria. 

• Los demás que establezca la legislación universitaria, así como los que sean necesarios para el desarrollo del objeto y fines institucionales.

ANTECEDENTE  

El pasado institucional inicia con la transición del Instituto Científico Literario Autónomo del Estado de México (ICLA) a Universidad Autónoma del Estado de México (UAEM).  

El primer plan de estudios inicia de 1956 hasta 1958 que consistió en una escuela preparatoria integral. La historia institucional transcurrida en poco más de 175 años ubica a la Universidad Autónoma del Estado de México a la vanguardia educativa del país al forjar hombres ilustres que han participado y participan activamente en la vida nacional, como es el caso de Ignacio Manuel Altamirano, Adolfo López Mateos, Horacio Zúñiga, Isidro Fabela, entre otros.  

Hacia el año 1977, en la Administración del Licenciado Carlos Mercado Tovar (1977-1981) como rector, la Universidad Autónoma del Estado de México, contaba con Secretaría de Rectoría, Dirección Administrativa y Dirección Académica. Al final de este periodo las direcciones cambian a Secretarías, quedando entre ellas la Secretaría Académica.  

En el periodo 2001-2005, siendo Rector el Doctor en Química Rafael López Castañares, se transforma por acuerdo de consejo Universitario en la Secretaría de Académica. 

Actualmente en la Secretaría Académica se encuentra conformada por nueve direcciones.